Правление Токугава означало также окончание контактов с Западом, которые начались в 1540-х годах с прибытием португальских купцов, в течение десятилетия фактически монополизировавших торговлю между Китаем и Японией. Корабли португальцев привозили шелк и золото на Кюсю и доставляли серебро обратным рейсом в Аомынь (Макао). К 1600 миссионеры, приплывшие в Японию, сообщали по меньшей мере о 300 тыс. новообращенных. Христианское вероучение не было единственным новым знанием, которое принесли эти контакты. География, астрономия, европейская военная наука, техника печати - все это изучалось японцами.

За португальцами последовали испанские священники и купцы из Манилы, чья первая миссия появилась в Японии в 1592. В 1600 прибыла малочисленная группа голландцев и один англичанин. В 1609 была основана голландская фактория, а через четыре года - английская.

Нобунага, Хидэёси и Иэясу первоначально считали выгодным доброжелательное отношение к иностранцам, чья торговля приносила стране богатство, а религия была полезным оружием против власти буддийского клира. Однако вскоре вероисповедание стало казаться потенциальным орудием подрывных действий. Хидэёси издал в 1587 эдикт антихристианской направленности, а в 1597 казнил несколько иностранных священников. Иэясу реагировал сходным образом и постепенно усиливая свою власть (с 1606), спустя 8 лет объявил о намерении удалить всех миссионеров из страны. Преследования еще более ужесточились при втором и третьем сёгунах дома Токугава.

Настроения, вызванные гонениями на христиан, распространились и на сферу торговли. Получать прибыль становилось все труднее, деятельности иностранных купцов ставилось все больше препонов. В результате английская фактория была заброшена в 1623, испанцы прекратили дела в 1624. Португальцам, постоянно обвинявшимся в предоставлении убежищ священникам и неофитам, было приказано покинуть страну по подозрению в причастности к мятежу, поднятому под руководством местных христиан в Симабара, на о.Кюсю, в 1637-1638. К этому времени были изданы эдикты, запрещавшие японцам заниматься коммерцией или путешествовать за рубежом. Таким образом, примерно с 1640, менее чем через 100 лет после прибытия первых европейцев, начался период добровольной изоляции (сакоку). Нескольким голландским купцам было разрешено остаться в Дэсима в бухте Нагасаки, где их деятельность жестко контролировалась. Китайские торговцы также прибывали в Нагасаки, пользуясь там большей свободой, нежели голландцы. Кроме того, некоторые контакты поддерживались с Китаем через острова Рюкю и с Кореей через острова Цусима. В остальном же Япония оставалась отрезанной от остального мира в области политики, экономики и культуры вплоть до 19 в.